닌자의 후예로서 할아버지 손에서 자란, 동물과 대화하는 능력을 가진 고등학생 아즈마 지로는 어느 날 숲속에서 부상을 입고 쓰러진 검은 고양이 나후와 만났다. 얼핏 보기에 나후는 평범한 검은 고양이로 보였지만, 그 정체는... 예전에 '검은 흉성'이라 불렸던 전설의 모노노케였다?! 그런 나후의 강대한 힘을 이용하고자 남몰래 접근하는 모노노케의 기척. 그리고, 모노노케 감시 및 제거를 담당하는 국가의 비밀 조직 '공의은밀국'의 개입. 나후의 힘을 두고 수많은 생각들이 뒤섞이는 가운데 지로와 나후가 목표로 하는 '각성'이란?! 모노노케와소년의 만남으로부터 시작되는 '닌자' 배틀, 개막!